Syftet med fusket har varit att sänka utsläppen i testmiljö.
Det är California Protection Agency som gjort upptäckten, och det skedde förra sommaren, enligt den tyska tidningen Bild am Sonntag.
Den olagliga funktionen var inte densamma som låg bakom förra årets skandal Dieselgate. Enheten har använts i både diesel- och bensindrivna bilar med automatväxellådan AL 551.
LÄS OCKSÅ: Dyra fel på 10 vanliga begbilar på Blocket
Känner av om ingen använder ratten
Fusket har fungerat på följande sätt:
Mjukvaran kan känna av om någon använder ratten eller inte. Om ratten inte rör sig aktiveras ett växlingsprogram som producerar mindre koldioxid och är optimerat för utsläppstester.
Ifall ratten vrids mer än 15 grader avaktiveras den manipulerade programvaran och koldioxidproduktionen ökar till den normala halten igen.
Audi slutade använda programvaran i maj i fjol, strax innan myndigheten CARB upptäckte fusket. Enligt Bild am Sonntag har programvaran varit i bruk i flera år.
Audi har inte kommenterat det nya avslöjandet. Men flera ingenjörer med anknytning till fusket har lämnat koncernen.